Durante o julgamento do processo Casa Pia, a coordenadora Rosa Mota e o inspector-chefe Dias André disseram que o ex-director nacional adjunto da Polícia Judiciária se opôs com veemência à detenção de Carlos Cruz e que terá mesmo tentado convencer o Ministério Público a recuar. Por causa destas acusações, a direcção da PJ abriu um inquérito aos investigadores. Três anos depois, foi decidido o arquivamento.

O relatório final aponta que é «forçoso admitir ser indiciador da existência de uma pressão exercida sobre a equipa da PJ» destacada para a investigação. É ainda referido que foi «desfavorável ao normal desenvolvimento da investigação a postura assumida por Artur Pereira».

O relatório reconhece as dificuldades criadas à investigação e confirma as pressões denunciadas pelos inspectores, a quem acaba por louvar.

O processo por difamação que Artur Pereira tinha movido a Dias André e Rosa Mota também já tinha sido arquivado em Janeiro. O ex-director nacional adjunto da Polícia Judiciária, que negou sempre ter intercedido por Carlos Cruz, não foi alvo de qualquer inquérito disciplinar.